Los primeros pobladores de la región pertenecen a las tribus cocas, las cuales se mezclaron con algunas de origen probablemente nahuátl, ya que este territorio se encuentra dentro de las rutas tomadas hacia el Valle de México. Incluso, el nombre original de la población es de origen nahuátl.
Aun cuando el significado anterior es el más apegado a las raíces indígenas, ya que el jeroglífico del mismo se ha localizado en diversos escritos, y es el mismo que puede verse en el centro del escudo del municipio, existen otras versiones tales como “lugar de mariposas”, nombre que derivaría de “Papantl”, mariposa (por el cerro mayor que domina el paisaje: “El Papantón).
En el año de 1529, Nuño de Guzmán llega a estos lugares conquistando los reinos de Tonalá y Xalisco, y a fines de marzo de 1531 presentan una resistencia aislada, y un poco tardía, los pueblos de Coyula, Juanacatlán, Tatepozco y Tololotlán (ya que las poblaciones eran demasiado pequeñas) en terrenos de Arroyo de en medio, resultando derrotados y sometidos, después de lo cual pasan a su poder hasta su muerte.
En el año de 1537, y de acuerdo con las ordenanzas que daban a los españoles el derecho sobre las tierras y los naturales conquistados, Cristóbal de Oñate otorga las encomiendas a Juan de Saldívar. En 1572 el Cura Lázaro Vallejo es el encargado de evangelizar los pueblos de la encomienda del Sr.
En 1582 se realiza la fundación de Mexicaltzingo y del convento de Guadalajara, pasando la evangelización a dichas corporaciones.
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Solicitud hecha al Dr. Santiago Vera, por Juan de Saldívar Mendoza, con peritaje de Pedro de la Cueva (...) “Alcalde Mayor del Fuerte de San Lorenzo de los Reyes y Corregidores del pueblo de Poncitlán” (...) de las demasías y obras en los terrenos que (...) “en términos de Santa fe y Sacatlán y Jonacatlan Teocaltitlan y Zapotlanejo ocho sitios de estancias que se nombran potrero y linda de ellos veinte y cuatro caballerías de tierra”, (...) concedida el siete de mayo de 1602, firmado Vera ante el escribano Pedro de la Plaza (Sr. Ing. D.
En real audiencia realizada el 30 de febrero de 1606 se otorga un Mayorazgo a Diego de Porres, al cual, de acuerdo al mandamiento acordado por el Sr.
Las primeras familias de origen español fueron las de apellido Baltazar, Bricio, Briseño, Velázquez, Cortés, Pérez, Suárez, Graciano y de la O, de procedencia extranjera, además de las nativas.
La primera piedra se colocó en el centro de la población, agregándosele una cruz esculpida en cantera de 2,5 m de altura la cual aún se encuentra en la entrada de la iglesia. Esta cruz se halla asentada sobre una base en forma de pirámide cuadrangular, añadida después, y en cada cara tiene las siguientes inscripciones: 1662 “Bajo el reinado de Carlos IV, se fundó esta población siendo virrey de la Nueva España Don Juan de Leyva y de la Cerda y Gobernador del reyno de la Nueva Galicia el Oidor decano Lic.
La fundación se hizo siendo virrey de la Nueva España Don Juan de Leyva y de la Cerda, marqués de Leyva y conde de Baños; Gobernador del Reyno de la Nueva Galicia el Oídor Decano Lic.
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La construcción de la Basílica Lateranense termina el 7 de julio de 1680, por lo tanto la Doctrina de Xonacatlán fue de las primeras que en el siglo XVI se entregaron a la administración del clero Secular del Obispado de la Nueva Galicia.
En 1825 estaba subordinado al ayuntamiento de Zapotlanejo, y desde esa fecha perteneció al 1.er. Cantón de Guadalajara.
Por decreto número 832, publicado el 19 de diciembre de 1898, se erigió Juanacatlán en municipio, es entonces cuando el progreso parece llegar en forma de factorías: un pequeño ingenio y una fábrica de harina, las cuales se encontraban al lado opuesto de Juanacatlán en la hacienda de Jesús María cuyo origen se remonta hacia el 1818. En este mismo lugar se instala en el Salto de Juanacatlán (la caída de agua) la primera planta hidroeléctrica de la República Mexicana, una de las más importantes del país, tres años después, en 1896, se inicia la construcción de la fábrica de hilados y tejidos de algodón junto a la hidroeléctrica, siendo para 1896 con la separación del cantón de Tepic (convertida en entidad federal) una de las seis fábricas textileras con las que contaba el Estado de Jalisco.
El 18 de enero de 1911 se levantaron en armas algunos vecinos encabezados por Eulalio Graciano, Tranquilino Hernández, etc. en protesta por el fraude cometido por el Gobierno en 1910, con motivo de la séptima reelección del dictador Díaz, en las elecciones de julio, estos fueron licenciados con el grado de Capitanes durante el régimen del Sr. Madero.
El 14 de julio de 1914, revolucionarios constitucionalistas al mando de Nicolás Barajas atacaron al destacamento Huertista de El Salto, durante esta contienda fue incendiado el “Gran Molino Germannia” (Del Sagrado Corazón) propiedad de los hermanos Collignton, ubicado en la cabecera del puente. El día 7 de julio de ese mismo año, fue atacado El Salto por fuerzas revolucionarias en gran número, al mando del General Ramón Sosa, perteneciente a la división de la Caballería del Cuerpo del Ejército del Nor-Oeste, al mando del Gral. Lucio Blanco, los cuales después de exterminar el destacamento federal, al mando del Capitán Campillo, pernoctaron algunos en Juanacatlán y otros en El salto.
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El 8 de julio tuvo lugar la famosa batalla de El Castillo, a cinco kilómetros de esta población, librada entre las fuerzas del General Lucio Blanco y los federales huertistas al mando del Gral. José María Mier, Gobernador del Estado y del Gral.
En el año de 1915 mueren en una emboscada a orillas del pueblo el C. A la par de este hecho sucede la famosa “Serenata Sangrienta” protagonizada por varios oficiales del estado mayor del Gral.
El 24 de febrero de 1917 llega a la estación de El Castillo, el Sr.
Al inicio de la Cristiada se levantaron en este pueblo por lo menos 20 vecinos, junto con otros 10 de El Salto, de los cuales algunos sobrevivieron.
Ya en El Salto, buscaron a los directivos sindicales de la fábrica y a los miembros del comisariado Ejidal, los cuales se pusieron a salvo amparados por un pequeño destacamento Federal que se batió en retirada.
Con este poderoso motivo es quitada la vía que comunicaba a la población con la capital del Estado, la cual llegaba hasta el entonces joven barrio de La Playa.
Cronología de la Hacienda Vieja del Castillo
| Año | Acontecimiento |
|---|---|
| 1630 | La Hacienda fue heredada a Diego del Águila y Rodrigo de Carvajal, hijos de Isabel de Velasco y Juan del Águila. Diego del Águila falleció y Rodrigo se ordenó como sacerdote, por lo que la hacienda pasó a sus hermanos menores Gabriel y Juana del Águila (hijos del segundo matrimonio de Gabriel del Águila luego de fallecer Isabel de Velasco). Gabriel (hijo) administró su parte de la Hacienda y la de su hermana. |
| 1727 | Luego de fallecer Juan del Águila, Francisca de Figueroa se casó con Juan González, pero al no tener descendencia decidieron donar su Hacienda de Santa María de Miraflores a la orden religiosa de los Carmelitas Descalzos a cambio de una pensión vitalicia. |
| 1832 | Una vez terminado el contrato anterior dieron la finca en arrendamiento a Alejandro Aldrete, vecino de Etzatlán por espacio de 5 años. |
| 1887 | Luciano Gómez dejó instituidos como herederos a sus hijos; tiempo después la finca pasó a manos de Carlota Gómez y del castillo Negrete (hija de Luciano) y a su marido Francisco L. Corcuera, a quienes sucedió su hijo Luis L. Corcuera quien se casó con Matilde Schiaffino Soto. |
| 1935 | Luego de los repartos agrarios, la Hacienda quedó notablemente disminuída, por lo que Matilde Schiaffino y su hijo Rafael L. |
| 1964 | Pablo Serrano Estrada adquirió la finca en calidad de rancho agrícola. |
Solamente cuenta con cascos de hacienda de propiedad privada destruidas en la época cristera y una cruz propiedad del municipio que relata la historia de Juanacatlán.
También cuenta con la Laguna de Juanacatlán que ofrece un paisaje digno de admirarse, por la transparencia de sus aguas y la vegetación circundante de bosque de coníferas y el centro de la cabecera municipal.
El clima del municipio es semiseco con invierno y primavera secos, y semicálido sin estación invernal definida. Los vientos dominantes son de dirección este, oeste y sur.
Se encuentran también el canal del río Santiago y el canal de riego derivado de la presa Corona. Los recursos hidrológicos del municipio pertenecen a la cuenca Lerma-Chapala-Santiago, subcuenca Verde-Atotonilco.
Sus principales recursos minerales son bancos de arena.
En la fauna existen especies como: leoncillo, gato montés, conejo, ardilla, tlacuache, zorrillo, zorro, víboras, armadillo y coyote.
Los suelos dominantes pertenecen al tipo Vertisol pélico y Regosol eútrico; y como suelo asociado se encuentra el tipo Feozem háplico.
En la región boscosa se encuentran especies como el roble, encino, gigante, tabachín y fresno.
De los cultivos locales sólo destacan el maíz y el sorgo.
Se cría ganado bovino de carne y leche, porcino, ovino, caprino, equino, aves de carne y postura y colmenas.
La principales rama de la industria es la manufacturera.