Gestionar correctamente las incapacidades de tus colaboradores es clave para garantizar su salud y bienestar dentro de tu compañía y así evitar generar inconformidades e incluso incumplimientos en la liquidación de la nómina que lleven a sanciones que impliquen afectar la estabilidad financiera de tu empresa. La incapacidad laboral es la condición médica que impide a un trabajador desempeñar sus funciones por un determinado periodo de tiempo. Cuando un trabajador sufre una enfermedad, accidente o condición médica que le impide laborar, tiene derecho a recibir un pago por incapacidad.
Calcular la nómina ya es un reto, así que cuando un trabajador no puede desempeñar su trabajo por una enfermedad, accidente o maternidad, todo puede ser más complicado. En un entorno regulado y altamente exigente, comprender el tratamiento contable de las incapacidades laborales es fundamental para la correcta gestión de la nómina y la seguridad social.
Clasificación y Marco Legal de las Incapacidades
Las incapacidades se clasifican de acuerdo con los sistemas de aseguramiento del empleado, principalmente en dos categorías: de origen común y de origen laboral.
Incapacidades en Colombia
En Colombia, las incapacidades se clasifican en dos grupos o dos sistemas de aseguramiento desde el punto de vista médico: las de origen común y las de origen laboral. Durante el tiempo que el empleado esté incapacitado, recibe un auxilio económico. La seguridad social es una obligación derivada del contrato de trabajo y un derecho que adquiere el trabajador como parte integral de la sociedad, contenidas en el Decreto 0019 de 2012. Es por esto que el correcto manejo de la nómina y, en especial, de las incapacidades, hace parte de los temas estratégicamente más importantes en la administración de un negocio.
Origen Común:
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- En este caso, el trabajador tiene una dolencia no asociada a su trabajo, como una gripa o un accidente fuera de sus actividades laborales.
- En general, este tipo de incapacidad está a cargo de la EPS (Entidad Promotora de Salud), pero solo a partir del tercer día, es decir, que la empresa debe asumir la incapacidad de los dos primeros días.
- Los empleadores deben realizar el trámite de la transcripción de la incapacidad ante la EPS del trabajador y gestionar el recobro de esta.
- No existe un término legal para efectuar la transcripción y depende de los plazos que tenga cada EPS. Después que la EPS haya dado su visto bueno, el empleador puede realizar el recobro por la incapacidad de su trabajador.
- Entre el día tres y el 180, sí se puede solicitar el recobro a la EPS.
- El auxilio económico que recibe el trabajador en la incapacidad laboral de origen común es del 66.6% del salario base de cotización durante los primeros 90 días, y luego del 50%, o al 100% si devenga el salario mínimo.
Origen Laboral:
- En este caso, las empresas ya no deben afectar la póliza que tienen con las EPS, sino con las ARL (Administradora de Riesgos Laborales).
- Cuando un empleado tiene una incapacidad de origen profesional, la ARL cubrirá el valor de la incapacidad al 100% según lo establecido en la Ley 776 de 2002.
Incapacidades en México
En México, las incapacidades se regulan por el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), que determina los días de reposo y el monto del subsidio que recibirá el colaborador. Una incapacidad es el documento oficial que emite el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) cuando un trabajador no puede desempeñar sus labores por motivos de salud, accidente o maternidad. El IMSS entrega esta constancia en un formato conocido como certificado de incapacidad (ST-2 o ST-7), donde se indican los días que el trabajador no podrá laborar.
Es importante aclarar que lo que paga el IMSS no es el salario, sino un subsidio directo al trabajador.
- Enfermedad General: Se otorga cuando el trabajador sufre una enfermedad no relacionada directamente con su trabajo.
- Riesgo de Trabajo: Aplica cuando el trabajador sufre un accidente o enfermedad derivada de sus labores. El trabajador recibe el pago completo a través del subsidio del IMSS hasta que se le dé el alta médica. Por ejemplo, un operador sufre una lesión durante su jornada y el IMSS otorga 12 días de incapacidad por riesgo de trabajo.
- Maternidad: Cuando una trabajadora está embarazada, el IMSS le otorga 84 días de incapacidad con el 100 % del salario base de cotización.
¿Quién Asume el Pago y Cómo se Calculan los Subsidios?
Mientras dure la incapacidad, el empleado recibirá una parte del sueldo. Lo normal es que el empresario siga realizando el pago como si fuera una nómina normal y luego será la Seguridad Social o la Mutua quien pague al empresario. De este modo, el trabajador recibe el ingreso por el subsidio con normalidad, incluyendo las retenciones por IRPF y por la Seguridad Social. El importe del subsidio será el valor del salario del trabajador menos las cuotas a la seguridad social correspondientes tanto a este como a la sociedad.
Pagos en Colombia
En una incapacidad, los aportes de salud serán asumidos por el empleador durante los dos primeros días y por la EPS a partir del tercer día, y por el fondo de pensiones a partir del día 181, según el Decreto 780 del 2016 y el Concepto Mintrabajo 53997 del 2020. Durante los períodos de incapacidad por riesgo común, será obligatorio realizar los pagos de los aportes de salud y pensión y se tomará como IBC (Ingreso Base de Cotización) el valor de la novedad de incapacidad, según lo establecido en el Decreto 780 de 2016.
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Si el trabajador tiene salario integral, el reconocimiento de las incapacidades es igual a los que no tienen ese tipo de salario, pero el IBC se toma del 70% del salario, según lo resuelto por el Concepto Mintrabajo 53997 del 2020.
A continuación, se presenta un resumen de la asunción de pagos para las incapacidades en Colombia:
| Tipo de Incapacidad | Días a Cargo del Empleador | Organismo Responsable | Porcentaje del Salario Base de Cotización |
|---|---|---|---|
| Origen Común | 1 y 2 | EPS (a partir del día 3) | 66.6% (días 3-90), 50% (días 91-180), 100% (si devenga salario mínimo) |
| Origen Laboral | Ninguno | ARL | 100% |
Pagos en México
En México, el IMSS es el encargado de determinar los días de reposo y el monto del subsidio. Para la incapacidad por riesgo de trabajo, el trabajador recibe el pago completo a través del subsidio del IMSS hasta que se le dé el alta médica. De igual manera, en incapacidad por maternidad, el IMSS le otorga 84 días de incapacidad con el 100% del salario base de cotización.
El salario que corresponde abonar al IMSS lo pagará la empresa y posteriormente se lo deducirá de las cotizaciones a ingresar en la Seguridad Social. En este caso, la empresa solo deberá realizar un apunte contable por la parte de la seguridad social que le corresponde.
Contabilización de Incapacidades en la Nómina
Es indispensable registrar esta novedad en la liquidación de la nómina para que el sistema realice los cálculos de subsidio y ajuste el pago del empleado conforme a la normatividad legal.
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Aspectos Contables en Colombia
El CTCP (Consejo Técnico de la Contaduría Pública) ha sido enfático en que todas las incapacidades laborales deben registrarse como novedad en la Planilla Integrada de Liquidación de Aportes (PILA), de conformidad con la normatividad vigente. El Concepto 0214 de 2025 del CTCP brinda una guía clara para que las empresas manejen de forma adecuada las incapacidades laborales desde el punto de vista contable.
La transcripción de la incapacidad ante la EPS para recibir los correspondientes pagos debe ser tramitada por el empleador. El empleador debe realizar el recobro por la incapacidad de su trabajador después de que la EPS haya dado su visto bueno.
Aspectos Contables en México
El último paso de cómo calcular una nómina con incapacidad es asegurarse de que la información quede correctamente registrada en el CFDI (Comprobante Fiscal Digital por Internet) de nómina. Para el CFDI de nómina versión 1.2, se deben utilizar las claves correspondientes incluidas en el catálogo c_TipoDeduccion para especificar claramente las deducciones gravadas y exentas. Cada incapacidad debe reflejarse en el CFDI con su propio nodo, incluyendo siempre los campos Tipo, Días e ImporteMonetario (si aplica).
El certificado médico es la base legal para justificar la ausencia y determinar los días con subsidio. Un tip es usar el número de días que aparece en el certificado del IMSS, no los que tú calcules manualmente. Usa siempre los formatos oficiales ST-2 (enfermedad) o ST-7 (riesgo de trabajo).
El SDI (Salario Diario Integrado) se usa para calcular las cuotas al IMSS. El ISR (Impuesto Sobre la Renta) solo se calcula sobre lo que paga el patrón.
Aspectos Cruciales y Errores Comunes en la Gestión de Incapacidades
Documentar correctamente cada incapacidad evita multas o aclaraciones posteriores, además fortalece tu proceso ante auditorías internas y validaciones del IMSS. Cada incapacidad bien registrada refleja una gestión responsable: sin duplicar pagos, sin errores de ISR y sin sustos del SAT o del IMSS.
Riesgos y Consecuencias de un Mal Manejo
- Riesgo financiero: Si un colaborador no presenta la incapacidad a la empresa, esta no puede realizar ningún recobro, por lo que tendrá que pagar el total de salario sin tomar el auxilio que da la EPS.
- Consecuencias legales (México):
- Multas de hasta 5000 veces la UMA por incumplimiento.
- Indemnizaciones por despido injustificado.
- Sanciones por parte de la STPS (Secretaría del Trabajo y Previsión Social) y el IMSS.
Errores Comunes a Evitar
Aunque calcular una nómina con incapacidad parece sencillo, hay varios detalles que pueden generar errores en el timbrado o inconsistencias con el IMSS. Uno de los fallos más comunes es incluir en la nómina el monto que ya fue cubierto directamente por el IMSS. No registres como salario lo que paga el IMSS, ya que es un subsidio. Si la empresa no pagó nada porque el trabajador estuvo incapacitado todo el periodo, algunos sistemas podrían no timbrar “recibos en cero”.
Es fundamental separar siempre el salario patronal del subsidio del IMSS. Usa correctamente los campos de percepciones, deducciones u otros pagos para que en el CFDI quede claro que se trata de incapacidad.
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