El primero de enero de 1937, entró en vigor la Ley de Justicia Fiscal y con ella inician las actividades del entonces Tribunal Fiscal de la Federación.
Conforme a lo dispuesto por esta Ley, el Tribunal estaba integrado por 15 magistrados que podían actuar en Pleno o a través de cinco Salas; las cuales estaban formadas por tres magistrados cada una.
Un año después de haber entrado en vigor la Ley de Justicia Fiscal, fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938, conservando igual competencia para el Tribunal, misma que a través de leyes especiales se fue ampliando.
En el año de 1967 se expide una nueva Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, en la que se previeron los aspectos orgánicos del propio Tribunal, incrementándose a veintidós magistrados, integrando las siete Salas que ya existían, más el Presidente que no integraría Sala, asimismo se establecían las normas relativas a la competencia que tenían asignada, conservando el Código las correspondientes al procedimiento.
Es en 1983 cuando se expide un nuevo Código Fiscal, conservando básicamente las normas procesales en los mismos términos. En los años siguientes aparecen diversas leyes que otorgan competencia al Tribunal.
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Para 1996 entra en vigor la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, conservando su nombre y la competencia, pero modificando la integración de la Sala Superior de nueve magistrados a once, así como su forma de operación a través de Pleno o Secciones.
Es a finales del año 2000 cuando el Congreso de la Unión aprueba las reformas en materias trascendentales para el Tribunal, como son: en primer lugar el cambio de nombre de la Ley Orgánica y del nombre de la Institución, por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, reflejando con ello la competencia que a través de los casi 65 años de existencia se le ha ido asignado, así como la que adicionalmente el propio Decreto de reformas le otorga señalando competencia para conocer de los juicios que se promuevan contra las resoluciones dictadas por las autoridades que pongan fin a un procedimiento administrativo, a una instancia o resuelvan un expediente en los términos de la Ley Federal de Procedimiento Administrativo.
El Tribunal está integrado por tres Salas Unitarias de competencia mixta, encabezada cada una por un Magistrado.
Es la máxima autoridad del Tribunal, se integra con los tres Magistrados de las Salas Unitarias que lo componen y es necesaria la presencia de la mayoría para que sesione.
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